Die Kernmethode der vergleichenden Genomanalyse (comparative genomics)
besteht aus dem Vergleich des Genoms eines Organismus
mit dem eines oder
mehrerer anderer Organismen (paarweiser bzw. multipler Vergleich).
Durch Genomvergleiche versucht man u.a.
herauszufinden, warum bestimmte Stämme eines Bakteriums
resistent gegen Antibiotika oder pathogen sind, andere hingegen nicht.
Diese Vergleiche werden erschwert durch die Größe der
Datenmengen und die im Laufe der Evolution stattgefundenen
Umstrukturierungen der Genome (genome rearrangements).
Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge
zum Genomvergleich haben den Nachteil, dass sie auf den paarweisen Vergleich
beschränkt sind und/oder nur einzelne Aufgaben
unterstützen. Daher soll ein Software-System entwickelt werden, das
mehrere eng verwandte Aufgaben eines multiplen Genomvergleichs
effizient unterstützt. Als erstes sollen DNA bzw. Proteinsequenzen,
die in allen Genomen konserviert wurden, schneller als bisher
möglich identifiziert werden. Die gefundenen konservierten Regionen
sollen dann die Grundlage zur Vorhersage von
Genomumstrukturierungen, Genen und
regulatorischen Elementen bilden. Dazu ist es notwendig, multiple
Alignments dieser Regionen effizient berechnen zu können.
Die u.U. sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine
Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht werden.
