University of Ulm ,
Faculty of Computer Science ,
Theoretical Computer Science Department
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Vorlesung (WS 2005/06):
Algorithmen der Bioinformatik |
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Vorlesungszeiten und Ankündigung
- Mittwochs, 12-14 Uhr im Raum 123
- Freitags, 10-12 Uhr im Raum 123
Vorlesungsankündigung auf der elektronischen Pinnwand
Inhalt
Der rapide anwachsende Umfang an Daten in der Molekularbiologie stellt eine beträchtliche Herausforderung für die Informatik dar. Es gilt umfangreiche und unstrukturierte Daten zu analysieren und aus ihnen biologisches Wissen abzuleiten. Im Vordergrund der Vorlesung stehen die Entwicklung von (formalen) Modellen und effizienten Algorithmen. Die Themen sind:
1) Hidden Markov Models (HMMs)
2) Genvorhersage
3) Phylogenetische Rekonstruktion
4) Genome Rearrangements
5) RNA Sekundärstrukturvorhersage
Literatur
- P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, MIT Press, 1998.
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 1998.
- D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
- T. Lengauer (Ed.), Bioinformatics-From Genomes to Drugs, Wiley-VCH, 2002.
- D. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
- P.A. Pevzner, Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
- J. Setubal, J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
- M.J.E. Sternberg (Ed.), Protein Structure Prediction: A Practical Approach, Oxford University Press, 1996.
- M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman Hall, 1995.
Materialien zur Vorlesung
Folien zur ersten Vorlesung
Skript, 1. Kapitel
Online verfügbare Ergänzungsmaterialien zur Vorlesung
Script zum Thema
"Wahrscheinlichkeit" von Daniel Huson, Universität Tübingen
Script zum Thema
"Hidden Markov Models" von Daniel Huson, Universität Tübingen
Chapter 4 "An introduction to hidden Markov models for biological sequences" von Anders Krogh (in Computational Metods in Molecular Biology, edited by S.L. Salzberg, D.B. Searls and S. Kasif, pages 45-63. Elsevier, 1998)
Artikel "A hidden Markov model that finds genes in E.coli DNA" von Krogh et al. (NAR, 22:4768-4778, 1994)
Script zum Thema
"Genvorhersage" von Daniel Huson, Universität Tübingen
Script zum Thema "Phylogenetische Rekonstruktion" von Volker Heun, Universität München
Script zum Thema
"Phylogenetische Rekonstruktion" von Daniel Huson, Universität Tübingen
Script zum Thema
"Genome Rearrangements" von Volker Sperschneider, Universität Osnabrück
Übungen zur Vorlesung
Informationen zu den Übungen sind
hier zu finden.