University of Ulm ,
Faculty of Computer Science ,
Theoretical Computer Science Department
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Vorlesung (WS 2004/05):
Einführung in die Bioinformatik |
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Vorlesungszeiten und Ankündigung
- Mittwochs, 10-12 Uhr im Raum 1002
Vorlesungsankündigung auf der elektronischen Pinnwand
Inhalt und Themen
Die Veranstaltung vermittelt Grundkenntnisse der Bioinformatik im Hinblick auf künftige Tätigkeitsfelder von (Medizin-) Informatikern im Bereich der molekularen Medizin und Biotechnologie. Es sollen Grundlagen und praktisch verwendbare Kenntnisse und Fähigkeiten vermittelt werden, die es erlauben DNA- und Proteinsequenzen zu vergleichen und zu analysieren, sowie Modelle zu entwickeln.
Themen sind:
Computational Genomics (Enno Ohlebusch), u.a.
- Datenbanken für DNA- und Proteinsequenzen
- Algorithmen und Modelle zum Sequenzvergleich
- Phylogenetische Rekonstruktion
- Genvorhersage
Computational Transcriptomics (Hans Kestler), u.a.
- Analyse von Genexpression
- Microarrays, cDNA Chips
Computational Proteomics (Rainer Schuler), u.a.
- Proteindatenbanken
- Strukturbeschreibung und Strukturvorhersage von Proteinen
- 2D-Gelelektrophorese
- Massenspektrometrie
- Proteinchips
Literatur
- A. Hansen, Bioinformatik, 2.überarbeitete und erweiterte Fassung, Birkhäuser Verlag, 2004.
- M. Dugas, K. Schmidt, Medizinische Informatik und Bioinformatik, Springer-Verlag, 2003.
- T. Lengauer (Ed.), Bioinformatics-From Genomes to Drugs, Wiley-VCH, 2002.
- A.M. Lesk, Bioinformatik, Eine Einführung, Spektrum, 2003.
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 1998.
- D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
Material zur Vorlesung:
Folien zum Thema "Molekularbiologische Grundlagen" (erste Vorlesung)
Folien zum Thema "Computational Genomics"
Folien zum Thema "Computational Transcriptomics"
LDA.R
Folien zum Thema "Strukturelle Bioinformatik"
Zusätzliches Material:
Script zum Thema "Molekularbiologische Grundlagen" von Volker Heun, Universität München
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie zum Thema Biotechnologie und Gentechnik
Folien zum paarweisen Sequenzalignment von Rainer König, DKFZ Heidelberg
Folien zum multiplen Sequenzalignment von Rainer König, DKFZ Heidelberg
Folien zum Thema Molekulare Phylogenie von Thomas Hankeln,
Johannes Gutenberg Universität Mainz
Online Lectures on Bioinformatics von Martin Vingron,
Max Planck Institut für molekulare Genetik, Berlin
Online Kurs
Sequence Analysis with Distributed Resources (SADR)
Jan Stallkamp
- Send Message - last change: 10/22/2004