University of Ulm ,
Faculty of Computer
Science ,
Theoretical Computer Science
Department
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Hauptseminar (SS 2006):
Bioinformatik |
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Ankündigung und allgemeine Hinweise
Das Seminar findet Dienstags von 12.30 bis 14.00 Uhr statt. Die Vorträge beginnen in der 18. Kalenderwoche. Bitte gehen Sie spätestens zwei
Wochen vor Ihrem Termin den vorbereiteten Vortrag mit dem jeweiligen Betreuer (Mohamed Ibrahim
Abouelhoda oder Kathrin
Hockel ) durch. Die
Ausarbeitung soll spätestens zum Vortragstermin abgegeben werden.
Vorträge
Suffixbäume
Vortrag von Florian Schuele (KW 18)
Literaturhinweis: PDF.
Folien (PDF)
Ausarbeitung (PDF)
Biologische Grundlagen
Vortrag von Patrick Depping(KW 19)
Folien (PDF)
Ausarbeitung (PDF)
MUMmer
Vortrag von Johannes Stickel (KW 20)
Literaturhinweis: PDF und PDF.
Folien
Ausarbeitung (PDF)
Enhanced Suffix Array I
Vortrag von Michael Arnold (KW 21)
Literaturhinweis: PDF. Zusatz Literaturhinweise: PDF und PDF.
Folien
Ausarbeitung (PDF)
Enhanced Suffix Array II
Vortrag von Chi Tai Dang (KW 22)
Literaturhinweis:
PDF.
Zusatz Literaturhinweise:
PDF
und PDF.
Folien
Ausarbeitung (PDF)
Chaining Algorithmen basierend auf kd-Bäumen
Vortrag von Gordian Kindler (KW 23)
Literaturhinweis: PDF. Zusatz Literaturhinweis: PDF.
Folien (PDF)
Ausarbeitung (PDF)
BLAST
Vortrag von Marina Rödl (KW 24)
Literaturhinweise:
- Huson: Algorithms in Bioinformtics I, Kapitel 3
- Altschul et al.: Basic local alignment search tool.J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990)
-
BLAST-Tutorial
Folien
Ausarbeitung
RNA Sekundärstruktur I
Vortrag von Verena Seliger (KW 25)
Literaturhinweise:
- Huson: Algorithms in Bioinformatics I, Kapitel 5
- Nussinov, Jacobson: Fast algorithm for predicting the secondary structure of single-standed RNA. 1980
Folien
Ausarbeitung
RNA Sekundärstruktur II
Vortrag von Daniela Nitsch (KW 26)
Literaturhinweise:
- Huson: Algorithms in Bioinformatics I, Kapitel 5
- Setubal, Meidanis: chapter 8.1
- M. Zuker. The use of dynamic programming algorithms in RNA secondary structure.
Folien
Ausarbeitung
Physikalisches Mapping
Vortrag von Christoph Müssel (KW 27)
Literaturhinweise:
- Huson: Algorithms in Bioinformatics II, Seite 1-9
- Setubal, Meidanis: chapter 5 (Seite 143-174)
- Blazewicz et al.: Construction of DNA restrictions maps based on a simplified
Folien
Implementierung des Algorithmus für das Simplified Partial Digest Problem
Ausarbeitung
Perfekte binäre Phylogenie
Vortrag von Patrick Schillinger (KW 28)
Literaturhinweise:
- Heun: perfekte binaere phylogenie (Bioinformatik III, Seite 81)
- Gusfield-Lehrbuch Seiten 447-475
- Gusfield: Efficient Algorithms for Interferring Evolutionary Trees. Networks, Vol. 21, 19-28, 1991
Folien
Ausarbeitung
Multiples Alignment
Vortrag von Steffen Bucher (KW 29)
Literaturhinweise:
- Huson: Algorithms in Bioinformatics I, Kapitel 4
- Gusfield-Lehrbuch, Kapitel 14
Folien
Ausarbeitung
REPuter
Vortrag von Halim Mutlu (KW )
Literaturhinweis: PDF und PDF
Kathrin Hockel
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last change: 10/02/2006